李约瑟曾指出，现代科学诞生于欧洲，是各种古代科学融合的结果。公元前五世纪前后，印度、中国、希腊三大文明中心首先产生了理性的科学文化。从古希腊科学的兴盛到现代科学诞生的一千年甚至更长的时间里，希腊医学衰落，阿拉伯医学和中国医学蓬勃发展。正是希腊医学和中国医学在阿拉伯的融合，才逐渐传到欧洲，并导致了世界医学体系的诞生。
中华医药文明发展史上的第一个高峰，是春秋战国时期的奠基和秦汉时期的成熟阶段。
中国位于亚欧大陆东部，内陆深厚，地域辽阔，气候适宜，资源丰富。中国最早的古书《尚书》云：“其道东渐海，西达流沙，通达南北，其教达四方。”青藏高原四千万年前是海洋，一千万年前上升为陆地，几百万年前才上升为高原。世界上的人类文明大多依水而生，沿江而兴。水是生命之源，人类文明史就是人与水亲近、和谐、共生的历史。中国亦是如此，发源于青藏高原的黄河、长江蜿蜒入海，自古以来，中华民族主要繁衍生息在这两大河流域。
中国有非常悠久的人类学历史，发现的古人类化石有200多万年前的四川巫山人、170多万年前的云南元谋人、115万年前的陕西蓝田人、50万年前的北京人、35万年前的江苏南京人、30万年前的安徽河县人、20万年前的陕西大荔人、湖北长阳人、10万年前的山西丁村人、3万年前的北京山顶洞人等。迄今为止中国大陆发现的最早的著名文化遗址有黄河中游的裴李岗文化、仰韶文化，中下游的龙山文化、跨湖桥文化、河姆渡文化等。 继夏商周三代之后，自秦朝统一中国以来，既是中国学术产生的基本时代，也是中医药文明培育成长的重要时期。
殷周时期形成了“六卦、尧”，西周末期又提出了“阴阳”、“五行”学说。夏商西周时期，医学与巫术并存，形成了医学的最初雏形。春秋战国时期，整个学术界百家争鸣，百花齐放，医学与巫术逐渐分离开来。中医由于其明显的科学性、实用性和合理性，在几千年前的众多学派中占据了主导地位。
春秋战国时期，周王室对诸侯国的控制力丧失，百余诸侯国之间战乱频繁，形成了五霸七雄。政治权力的分散，为人才的流动提供了契机，也为自由思想提供了空间。百家争鸣的稷下学宫应运而生，各家学者云集，“议而不政”的士人纷纷发表见解。诸侯国竞相效仿田齐培养士人，士人“择木而居”。稷下学宫“人数十万人”，对不同的学术观点都能够包容。孟子曾两次在稷下讲学，荀子曾三次担任稷下学宫的宫主。 社会思想的自由，造就了许多杰出的思想家，形成了儒、医、墨、道、法、阴阳、名、纵横、杂家、兵、小说等各家学说，各家相互质疑、争论，形成了中国学术最辉煌的时代。这个时代，形成了中国学术大部分重要的遗产经典，包括《诗经》、《尚书》、《礼记》、《易经》、《春秋》、《内经》、《难经》。其《诗经》抒志，《史记》记事，《礼记》规范行为，《易经》阐释阴阳，《春秋》记述上下，《内经》和《难经》则用来解人之忧，涉及面非常广泛。
殷周以来，百家争鸣的学术之争，引发了思想观念的重构，“天意”信仰转向理性的“天道”，“天主”的历史羁绊开始自然化。理性重构将“天道”与“人道”区分开来，“仰观天象，俯视地理，故知阴明之理”，通过《易》思想的传播，产生了天、象、经、传的历史演化，形成了天人相感、象意相仿、义理注入三种模式。子产、老子、孔子主张人道应遵循天道，子思、孟子阐述了“辅天说”，荀子提出了“制天说”，以自然规律来控制自然。 《黄帝内经》和《难经》融会贯通了《易》学，提出了“天人合一”和生命规律。鲁医扁鹊在赵时为妇科医生，在周时为妇产科医生，在秦时为儿科医生，奠定了中医脉诊法的基础，开了中医的先河。此外，以伤寒、杂病、外科为最突出的临床医学达到了前所未有的水平，是中国医学文明史上的第一个高峰。
这一不断发展的高峰所带来的历史遗留，是以玄学为特征的新道家思想运动，导致了南齐（公元479-502年）陶弘景撰写的《神农本草经集注》中“百法杂糅，无一出三教之境”的论述，将以人文主义原则为基础的“三品”分类法，改为以药物的天然来源和性质为依据的分类法，开辟了新的本草理论体系。 以理学为时代旗帜的医学家王惟一，“常考禁方，尤以金石为用”，并“造铜人为范”，对经络穴位理论进行了审查和修正，为经络穴位理论的发展和规范化做出了贡献，特别是铸造了针灸铜人，撰写了《铜人针灸图说》，对中国针灸技术的传统发展起到了巨大的推动作用。
中华医学文明发展史上的第二个高峰是宋元时期的学术规范与流派形成阶段。
陈寅恪先生说：“中华民族的文化，经过几千年的演变，在赵宋时期达到了顶峰。”我国宋代，“东南为佳境，三吴为都，钱塘自古繁华。烟波杨柳，画桥流水，风帘碧帘，万家屋舍”（柳永《望海潮·东南佳境》）。
公元960年，赵匡胤废后周恭帝，建立宋朝，定都汴梁（今开封），中原统一，虽与北辽、西夏对峙，但两宋共存319年，开“天水朝”（陈寅恪语）。宋初实行中央集权，赵氏家族一方面用计谋使部下交出兵权，统一统制，另一方面注重文治，加强文臣谋略，推行科举，选拔人才。但中期以后，因辽、西夏入侵，经济不振，国势衰微，南隅时奸人当道，使国家由强转弱，最终走向灭亡。
宋代科技文化空前发展，是中国文化史上的一个繁荣时期，理学、医学、文史艺术等都硕果累累。宋太祖重文轻武之风达到顶峰。在理学兴起、宗教权力衰落、言论管制减少、市场文化兴起、商品经济繁荣、印刷术、指南针、火药发明的背景下，杰出人才大批涌现。史耀弼在《策问》中说：“仅我宋代，二百余年，文物之盛，已逾百代。”陆游在《吕居人集序》中说：“宋代兴起，儒生多相仰，有的比汉唐更胜一筹。” 程氏兄弟二人、朱熹、欧阳修、苏轼、司马光并称“金元四大家”，即“晋以善医著称，有刘松真（刘完素）、张子和（张从正）、李明之（李杲）三家，虽人时代不同，手法各异，至于阴阳五行兴衰之说，皆以《黄帝内经》为主要来源，无有异同。”刘完素、李东元、张子和、朱丹溪，其中刘完素创立热学说；李东元创立脾学说，张子和主张攻下；朱丹溪主张滋阴，学派林立，各家各表自己的学说。宋濂也说：“自秦以来，文学未有如宋代兴盛。” 医药文化事业发达，周敦颐、程颐、张载所阐述的义命学说，特别是理学大师朱熹对太极气学说的全面论述，为后世中医气运理论的日臻完善奠定了不少基础。
此外，在国家层面设立“太医局”，设立医学教育机构。各州、乡、市政府也纷纷效仿，开设地方医学院。除唐以前必读的医学文献外，学生的理论教材中还包括陈衍的《三阴集——病证方论》。名医杨杰将自己解剖死囚的经验总结成图集《存真图》，供学生在课堂上阅读。这些举措大大提高了医学生的水平。
宋太祖赵懿隐开始编撰《开宝本草》，宋太宗编撰《太平圣惠方》。两朝，加上赵佶编撰《圣济总录》，北宋对医学的重视空前高涨。在朝廷的影响下，一些官僚大臣也十分重视医学，如刘禹锡、欧阳修、王安石、曾公亮、富弼、韩琦、夏嵩等人也参与编撰医书。医学界出现了儒医结合的局面，苏轼、沈括、陈药叟等也有许多个人医方。北宋补正医书局刊行医书之后，各学科临床、伤寒研究的专著也越来越多。医学的发展还体现在医学教育上，促进了整个中医学的规模和丰富。
中医原本有医经、方药两大流派，《汉书·医文志》记载有医经七家，方药十一家。张仲景写《伤寒论》之后，至宋代，医学打破了汉代儒家经典独大的局面，开始分流派。《全书·文库总目》称这种变化现象为“宋分儒，金元分医”。各家的创始人都是伟人，个个都可谓“博学多才，风流倜傥”（《晋书·奚慎传》）；他们任何一派的理论都是“惠施多论，书卷五车”（《庄子·天下》），各种理论、各种流派形成了中国医学文明史上的第二个高峰。
这场高峰带来的学术遗产，是明清两代外感温病治疗的革新和寒学派新阶段的丰硕成果。最明显的标志是经典方剂与当代方剂并存的学术思想的兴起，特别是病因学中的热论，以及卫气营气血辨证和三焦辨证方法的提出，将中医临床治疗推向了新的高度。16世纪中叶至17世纪中叶，李时珍《本草纲目》改变了《神农本草》的三类分类法，采取了“析族分类，分门别类”的科学分类法。药理学的很多方面都是按照从低级到高级的进化顺序排列的。这种分类方法趋向于遵循自然进化的体系，从无机到有机，从简单到复杂，从低级到高级，明显带有生物进化的思想。 1809年后，被英国生物学家、进化论创始人达尔文在《家养动物和植物的变异》一书中引用，李时珍的科学分类体系比瑞典分类学家林奈发展的动植物二名法早很多年。
科学被中国学术界接受，是通过儒家“格物致知”理念的传播。朱熹说：“欲得学，必格物。欲得其学，必格物致知。”意思是说，只有把万物的道理都讲透了，心中的道理才能显现出来。朱熹与同为理学家的陆九之、王阳明不同，陆、王讲“心通礼”，朱熹讲“尽道于物”。“欲得学，必格物。格物而后得学”（《礼记》、《大学》）。“格”是达到，“物”是事物，“至”是推而广之，“知”是知识。格物致知是儒家的哲学理念。
由此哲学理念而产生的“格致学”，可以说是中国学术从传统走向现代的桥梁。“格致学”的兴起，是建立在朴学的成果之上的。随着汉学的兴起，清代传统学术转向务实朴素的学风，注重收集资料、罗列证据，主张“无据不信”。这种学风发掘和培育了科学理性主义，促进了功利主义与实证主义的融合。
中华医药文明发展史上的第三个高峰，是从科学学习阶段到中西医结合阶段。
近代中国洋务运动开始后，西方科学传入中国。在西式学校的课程设置中，出现了相当于理科课程的“格致”课程，专门教授近代自然科学，主要是物理、化学等。其思想来源是北宋博物志《格物楚谈》、朱世杰的数学著作《思源与鉴》、著名中医专家朱震亨的《格致与论》，这些重要著作对格致思想进行了清晰的阐释。
朱震亨是“阴阳学”的创始人，他家传诗书，推崇理学，以文化为源泉，说：“学者读书用之，犹于律仪求方圆，以直度比准度，以深引伸以类推，可以无限应用。” “读书之要诀，在于‘学而致用’和‘举一反三’。他以‘古人视医学为吾儒者应学而知之事之一’，将蕴含其一生医学经验精髓的《格致语论》命名为‘格致语论’”。朱震亨家学朱熹理学，他师从四代朱熹弟子徐谦，又师从罗志悌，兼通易水学派，研习太极之理，学朱熹之法，研习医学之理。他的‘象火说’和‘滋阴说’，实质上就是朱熹理学‘格致语’的医学阐释，虽然也有不足之处，但在一定意义上启发了19世纪初重要医学学术思想流派的形成。
格致学说的思想遗产一直延续到明朝，明朝从1368年到1644年，一共276年，有16个皇帝。这是中国历史上汉族建立的最后一个大一统王朝，其实也是我国从一个东方古国走向汉文化世界的最后一个辉煌阶段。整个明朝是一个激动人心、动荡不安、独具特色、人杰地灵的王朝。涌现出了许多在中国医学文明史上影响深远的重要人物，如张景岳、万全、戴思恭、李时珍、王肯堂、陈嘉谟、夏滢、刘春等众多哲学家。
至1636年清朝到来，伤寒学派的张志聪、陈修元、柯云波、许大纯、游在静、钱黄、沈金鳌、余昌、张鲁、程英茂、周养君、黄元瑜、吴宜洛、张随臣、张希举、秦志珍等人著书立说。同时，温病学说也得到迅速发展，涌现出许多著名的温病学者，如吴又可、叶天士、吴居桐、王孟英等，形成了温病学派。吴又可在其著作《瘟疫论》中提出了“邪气”学说，认为温病是由天地邪气经口鼻侵入而引起的。这一学术观点比法国微生物学家巴斯德提出的细菌学说早了200多年。 叶天士在总结《黄帝内经》、《南京经》、《伤寒论》、《伤寒论》等学术成果的基础上，撰写了《伤寒论》，明确了“温邪上承，先犯肺，而下达心包”的温病发病规律，建立了“卫气映血辨证”体系。吴居同在继承叶天士理论的基础上，结合自己丰富的临床经验，编撰了《温病论》，建立了“三焦辨证”体系，对温病理论进行了进一步的总结和发展。薛胜白的《湿热论》、王世雄的《温热经络论》等也对温病理论的发展作出了贡献。 此外，王清任在《格致》中十分重视解剖学，编撰了《医正》，纠正了古籍中关于人体解剖学的错误，同时大大发展了血瘀致病理论，创立了一系列活血化瘀名方。
受求知格物、重视科学思想的影响，在近代中国形成了19世纪初王学全、王孟英、陆义田、陈定泰、陶定兰和19世纪下半叶唐宗海、朱培文、恽铁樵、张锡纯等杰出医学家的学术思想。如唐宗海认为中西医理相通，中西医结合主要是用西医去验证中医，从而证明中医并非不科学。唐宗海说：“西医亦有长处，中医亦非无短处。”朱培文说中医“善于探理，不善于格物”，西医“专于格物，不善于探理”。在方法上，主张中西医结合，在保留差异的同时去理解所能理解的东西。 恽铁樵认为西医重视生理、解剖、细菌、病理、病变等研究，而中医则注重体能、气化、四时五行变化对疾病的影响。中医可以吸收西医的长处，与之“结合”，但基础主要还是中医。他还认为中医停滞不前的原因，就是囿于《内经》，要超越古人，不能止步于《内经》，才能超越古人，吸收西医的长处，不断发展。张锡纯把中西医结合的思想运用到临床实践中，其特点就是中西医并用。他认为西医用药局部，注重治标，而中医用药找病因，注重治本。两者结合，才能达到理想的效果。
梁启超先生在《格致学演变略论》导言中说：“故欲论一门学科之演变，必历代而上，追本溯源，观古迹而后进。”历史总是在延续，许多前辈先贤的探索，对中国医学日后的发展，中西医结合，中西医并重，起了重要的启发和指导作用。1886年，清政府在京城设立“格致学堂”，在京师大学堂设立“格致学”。《翰林院章程》规定“格致学部”为专门大学八部之一，下设天文、地质、高等数学、化学、物理学、动植物学等六大类。至今，格致学已在国家层面上得到规范。 事实上，以“格致”为名的中西科学融合，由“格致”到“科学”，是中国学术思想现代化的一大特征，也启发了中西医结合理论的不断成熟，使古老而悠久的中医学能够在探索中西医结合的道路上与时俱进、不断进步。
中医学经历了从古代到中世纪，再到近代三个阶段，完美地完成了整个体系的形成，为中医现代化奠定了坚实的基础。现代中医学随着现代科学技术的不断借鉴与结合，得到了现代科学新的研究成果更多的介入与支持，在探索新的医学范式、中西医结合、中西医并重的道路上将继续日新月异。作为一门重要的学科，它紧跟时代的发展，融入最新的科学进步与技术前沿探索，这一趋势的发展与未来作用是其他学科所无法替代的。 尤其是中西医结合，有利于“开展重大疑难病医学研究，形成独特的中西医结合诊疗方案，提高重大疑难病、危重病临床疗效。中医药从人体全生命周期的角度，做到防病先防，在机体出现功能性问题或不适症状时及早干预，防患于未然，重在防病治病”。将发挥更加重要的作用。近代以前中国医学文明发展史上的三次高峰波澜壮阔，代代相传，代代传承。中医药和中华文化一样，历经几千年，不仅具有顽强的生命力，而且会随着时代的进步不断发展。